Материалы музея являются неисчерпаемым источником для работы ученых, врачей, студентов. На их основании подготовлено немало научных трудов. Документы музея использованы в хроникальных, документальных и художественных фильмах.

Значительное число научных работ подготовили также сотрудники музея. Только за последние пять лет было опубликовано 43 научных труда и публикации, в том числе 3 издания путеводителя, книга "Золотая осень Н.И. Пирогова", посвященная жизни и деятельности ученого в усадьбе Вишня. Кроме того, в библиотеке музея сохраняется более 7 тысяч книг и журналов, повествующих о жизни и деятельности ученого. 

Экспозиция, которая развернута в доме М.И. Пирогова, состоит из 12 разделов.

Каждый раздел отражает определенный период жизни и деятельности ученого - детство, юность, учебу в Московском университете, Дерптский и Петербургский периоды, участие в войнах на Кавказе,  в Крыму, франко-прусской и русско-турецкой, деятельность на должности попечителя учебных округов, руководство профессорским институтом за границей. Особое внимание уделяется освещению Вишенского периода жизни ученого.

Объектами музейного комплекса являются дом и аптека, сооруженные

Н.И. Пироговым в 1866 году, и церковь-некрополь, строительство которой закончено в 1885 году. С 1882 года здесь покоится набальзамированное тело Н.И. Пирогова.

Дом Н.И. Пирогова. 1882 г.

О усадьбе Вишня известно немного. Свое название она получила от речки Вишня.

С 1816 года хозяином усадьбы был доктор медицины А.А. Гриколевский, в наследников которого Н.И. Пирогов приобрел ее на торгах в Киеве в 1959 году, работая на должности попечителя Киевского учебного округа.

Национальный музей-усадьба Н.И. Пирогова расположен в юго-западной части Винницы, в живописной усадьбе Вишня, где на протяжении последних двадцати лет жил и работал знаменитый ученый, гениальный хирург, анатом, творец военно-полевой хирургии, основатель Общества Красного Креста, прекрасный педагог и общественный деятель Николай Иванович Пирогов.

Целью деятельности Национального музея-усадьбы Н.И. Пирогова является сохранение особенной культурной среды, которая была при жизни ученого.