Музей является учебной базой Винницкого  национального медицинского университета. Здесь проводятся занятия по истории медицины, заседания студенческих научных кружков.

Вместе с МЗ Украины, Винницким  национальным медицинским университетом музей был одним из организаторов в Виннице значительных научных форумов, посвященных Н.И. Пирогову, среди которых - Пироговские чтения, съезды, научные конференции.

На сегодняшний день в музее работает 52 сотрудника, из них 8 экскурсоводов, 5 научных работников, которыми только на протяжении последних лет было написано 15 научных работ, в том числе книга "Золотая осень Пирогова", подготовлен путеводитель по экспозиции музейного комплекса.